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此时，在另外一个地方，正发生着更为重要的事情。
这里还是锡安虚拟世界，但这里却不是被尼奥所控制的锡安，而是被机器们占领的更广阔的土地中。
机器大帝就在这里，它在进化过程中不可打断，它最重要的核心意识“母体之父”，此时还在设计着计谋，想办法把所有史密斯一网打尽，全部引到火车站。
这不容易，但是母体之父还是相当有自信的，毕竟他创造了母体，母体中的一切都或多或少的要受其控制。
为了抑制住史密斯的发展，一个又一个更为可怕的黑衣特工被开发了出来。
哪怕史密斯自以为了得，可是母体之父为了对付这家伙，开发出来的都是远远超越常规的程序，其杀毒软件特性发挥到极致。
虽然史密斯的数量在不断扩大，但是杀毒软件们杀伤力惊人，有些时候甚至不再顾忌被“人类”发现，全力扫荡着这些“史密斯”，终于使得史密斯都不敢随便行动了。
因为，史密斯发现自己完全无法对抗这全新一代的杀毒软件“黑衣特工”，毕竟这可是母体之父为首的三人全力开发出来的专杀软件。
电影原著中，母体之母利用了尼奥，结果就一石二鸟，一下子解决了两个麻烦。
但是，这并不代表母体之父和母体之母，他们真的就没有一定的对抗史密斯的办法。
现在，他们之中还要再加上一个梅罗纹奇这个家伙。
梅罗纹奇，这个人虽然因为在母体中已经不再重要，所以没有了权限，使得他一直不甘心。
可是，梅罗纹奇的力量是不会被母体之父和母体之母小看的。
三个母体中的至高力量合力，再加上机器大帝的进化，使得某些数码宝贝的特性被赐予了黑衣特工，因此史密斯才会弄得那么狼狈。
是的，现在的史密斯已经很狼狈了，到处都有神出鬼没，不知道会突然从哪里冒出来的黑衣特工，到处都在追杀着任何一个被发现的“史密斯”。
最让史密斯咬牙的是，这些黑衣特工居然还会进化，一次比一次遇到的要强，而且不知为何这些特殊的程序无法入侵，因为它们压根就是在见势不妙时会自爆，这简直是岂有此理。
这样一来，不但史密斯的行动受到了严重妨碍，而且他污染成的病毒“史密斯”，还没有被黑衣特工杀掉的多，这如何让他甘心？
史密斯或许因为自己最近太过给力了，居然小看了母体真正的力量，这会弄成如此也是理所当然的事情。
史密斯眼下如此强力，是因为尼奥的变化超过原剧情。
可是，机器大帝作为母体的化身，现在也已经被转化成为了数码宝贝形式，哪怕不算是完整的数码宝贝，而且进化等级还很低，可是这些也让母体中的掌控者“母体之父”、“母体之母”都变得更加强力了。
梅罗纹奇，因为恢复了地位，被分到了一点权限，也得到了进化。
这是一种妥协。若没有梅罗纹奇的帮助，在对付史密斯上面，或许未必会如现在那么有效了。
现在只剩下了等待，只需要把史密斯杀干净只剩下一个时，将那只无法被删除的史密斯原形，流放封印在已经被改造成牢笼的火车站，那么一切的事情就都会结束。
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